EOS 40D采用了先进的9点宽区自动对焦系统,9点全部为十字型高精度对焦点,其中中央对焦点更是实现了在F2.8下对水平线条和垂直线条都敏感,在使用F2.8或更大光圈镜头时,对焦精度和对焦能力大大提高,EOS 40D也成为佳能EOS数码单反相机中第一款中央对焦点实现F2.8十字型高精度对焦的相机。EOS 40D暗环境对焦能力也很出色,其对焦系统可在EV-0.5-EV18下工作。相机还具有自动对焦光源检测功能,在人工光源环境下其对焦性能也可得到改善。相机9个十字型对焦点的位置根据相机图像感应器的尺寸进行了优化,方便用户进行构图。采用了多功能控制钮,在进行对焦点选择时,只要推动或按下多功能控制钮,就可以选中相应的对焦点,非常方便快捷。
闪光灯并没有太大的区别,就是在外形上稍微有点变动。但如果配上580EX II 时EOS 40D可以通过相机的菜单来设置闪光灯的多项功能。相机采用先进的E-TTL II自动闪光系统以获得精确稳定的闪光曝光。